Mitt i landet finns en bördig högplatå, Meseta Central, omgiven av berg. Här ligger huvudstaden San José på 1 200 meters höjd. Nära intill ligger de tre följande största städerna, som alla också är provinshuvudstäder: Alajuela, Cartago och Heredia. Tillsammans utgör de en relativt tätbebyggd region med sammanlagt över två miljoner invånare, eller halva landets befolkning.
I norr och längs östkusten utbreder sig lågland.
Mycket skog skövlades tidigare för att ge plats för jordbruk och boskapsskötsel, men skövlingen har bromsats upp och trenden har vänt. I början av 1980-talet var bara en fjärdedel av landet skogstäckt, men idag är halva landet skogsbevuxet. Det finns både tropisk regnskog, tropisk torrskog och molnskog. En fjärdedel av landet är i någon form naturskyddad. I Costa Rica finns en oerhörd biologisk mångfald – omkring fem procent av jordens arter återfinns i landet som är något större än Danmark.
Hela Costa Rica ligger i den tropiska zonen men väder och klimat varierar mycket beroende på höjden över havet. Vid kusterna är det hett och fuktigt. På högplatån kan det vara hett dagtid men svalt ibland under regnperioden och på kvällarna. Högt upp i bergen kan det bli ganska kallt.
Regnperioden varar från maj till november, och torrperioden från december till april. Vid den karibiska kusten är det alltid fuktigt, där regnar det omkring 300 dagar om året och mest av allt i december.
Naturtillgångar och energi
Gruvsektorn är liten i Costa Rica och de enda mineral som har utvunnits på senare år är guld och silver. Vattenkraft står för större delen av elförsörjningen. Troligen finns betydande oljereserver men de exploateras inte, bland annat på grund av ett starkt miljömotstånd.
Costa Rica har fyndigheter också av bland annat bauxit, järn, koppar, bly och kalksten, men ingen utvinning av de mineralen förekommer. Guld och silver produceras främst av kanadensiska företag.
Olja finns i havet utanför den karibiska kusten. Reserverna beräknas vara relativt stora men ingen olja pumpas upp. Motståndet mot oljeborrning är stort av miljöskäl och dessutom har lönsamheten i eventuell utvinning ifrågasatts.
Elektriciteten kommer nästan uteslutande från förnybara källor. Vattenkraft ger nästan tre fjärdedelar av elkraftsproduktionen. Vindkraft, energi som utvinns ur vulkaner och biomassa står för resten. Potential finns för export av elektricitet till grannländerna. Costa Rica ingår i ett gemensamt centralamerikanskt elnät.