Nederländerna kallas ofta Holland, efter sin historiskt dominerande region. Det officiella namnet betyder ”de låga länderna”. Mellan en fjärdedel och en tredjedel av landet ligger under medelhavsnivån – andelen varierar ganska mycket beroende på tidvattnet.
Landskapet är övervägande flackt. Mer än halva landet ligger mindre än en meter över havet (inklusive delen under havsytan). Medelhöjden är endast tio meter över havet. Kuperad terräng förekommer bara i den sydöstligaste delen av landet, där en smal landremsa skjuter ner mellan de båda grannländerna Belgien och Tyskland. Där når några kullar drygt 300 meter över havet.
Längs kusten i norr finns en kedja av sanddyner som övergår i de Västfrisiska öarna. Innanför kustens dynlandskap ligger det speciella nederländska marskland (våtmark) som utgör nära hälften av landets yta. Det är till stora delar återvunnet från havet och mycket bördigt.
Torrläggning av tidigare havs- eller insjöområden inleddes redan på 1000-talet. Det har skett genom att områdena vallats in och dikats ut med kanaler. Ett sådant invallat område kallas polder.
På 1930-talet skars hela den tidigare havsviken Zuiderzee innanför Västfrisiska öarna av från Nordsjön genom en tre mil lång skyddsvall. På vallen, Afsluitdijk, går en motorväg. Havsviken är numera ersatt av sötvattensjön Ijsselmeer. Stora landområden har också torrlagts i projektet. Två av dessa poldrar utgör provinsen Flevoland.
Nederländernas största floder Rhen (Rijn, som delar sig i Lek, Waal och Ijssel), Maas och Schelde rinner alla upp utanför landets gränser men mynnar ut i havet i Zeeland, i sydvästra delen av Nederländerna. I detta deltaområde finns många större eller mindre öar. Efter en stor översvämning 1953 inleddes ett projekt, kallat deltaprojektet, i syfte att undvika sådana katastrofer i fortsättningen. Genom stora vallar med öppningsbara luckor och pumpanläggningar i sinnrika system försöker man skydda Zeeland från översvämningar.
Aruba, Curaçao och Sint Maarten i Västindien (Karibien) är internt självstyrande områden inom Kungariket Nederländerna. Öarna Bonaire, Sint Eustasius och Saba, också i Västindien, har status som särskilda kommuner inom Nederländerna.
Nederländerna har ett tempererat och fuktigt klimat. Ett normalt år faller omkring 800 millimeter nederbörd, ganska jämnt fördelad över året. Luftfuktigheten är hög hela året. I kombination med kraftiga vindar blir fuktigheten under vinterhalvåret genomträngande.
Klimatförändringarna och inte minst stigande havsnivåer utgör ett allvarligt hot mot Nederländerna på grund av att det ligger så lågt.