Enligt evolutionismen skedde biologisk, teknologisk och kulturell utveckling nästan enbart i en riktning, från det enkla till det komplicerade, från det primitiva till det civiliserade, från det sämre till det bättre. Därmed såg man inte utvecklingen på samma sätt som kristendomen likt ett fall från ett perfekt ursprungligt tillstånd, och historien som en lång färd tillbaka till det paradis man förlorat. Framstegstanken föreställer sig istället historiens början som mörk och primitiv och vår nutid som upplyst, stående på toppen av utvecklingskurvan. Man hyste ingen sentimentalitet för det man lämnat bakom sig, eftersom det vi nu har är den bästa av alla världar. Utvecklingen delades in i olika stadier med sin egen teknologiska nivå och kulturella egenart. Religion är något som hör till ett relativt tidigt stadium, men är olämplig för vår vetenskapliga civilisation som endast förlitar sig på vad som kan mätas och analyseras med hjälp av sofistikerade matematiska beräkningar.
Det var dock uppenbart för dessa tänkare på 1800-talet och det tidiga 1900-talet att alla kulturer inte hade nått lika långt. Deras egna, västerländska samhällen, hade självklart nått längst, men man hade genom upptäcktsfärder och kolonialism lärt känna nya kulturer i Afrika, Australien och Amerika som levde med mycket enkel stenåldersteknologi, och som inte hade något jordbruk eller skriftspråk. Forskarna tänkte sig att dessa människor levde kvar på tidigare stadier, vilka vår västerländska civilisation också befunnit sig på för länge sedan. De nutida primitiva folken var alltså ett slags levande fossiler och kunde studeras som bevis för hur människan hade levt i förhistorien. Deras samhällen och kulturer fungerade som tidsmaskiner med vars hjälp vi kunde rekonstruera vår egen forntid.
Samtidigt fanns det fortfarande många religiösa människor och former av vidskepelse och folktro (som att sätta ut gröt till tomten) kvar i de utvecklade länderna. Hur skulle man förklara det? Om vi hade nått en vetenskaplig och teknologisk nivå på vilken vi inte längre behövde religiösa förklaringar och berättelser, varför hade inte religionen dött ut? Förklaringen var att dessa myter och religiösa berättelser var survivals, överlevare från ett tidigare mer primitivt stadium, men att de obevekligt med en allt högre grad av rationalitet och modernisering skulle vittra bort.
Edward Tylor (1832–1917), en engelsk antropolog, ansåg att religion var en grundläggande tro på andliga väsen (animism) och att sådana föreställningar uppkom genom att människan hade funderat på skillnaden mellan en död och levande kropp, samt de gestalter som hon mötte i sina drömmar på natten. Slutsatsen som våra urtida tänkare drog var att människan hade en finmateriell kropp som kunde lösgöra sig under sömnen och som slutgiltigt lämnade kroppen när personen dog. Ur föreställningen om en själ utvecklades senare tanken på gudar och med den religionen.
Robert Ranulph Marrett (1866–1943) menade å sin sida att den mest ursprungliga religionen inte hade någon tanke på andliga väsen utan endast förhöll sig till en opersonlig kraft i naturen. Från den hade tanken på en själ och gudar utvecklats sig. Hans teori kallades därför för pre-animism, för-animism.
Emile Durkheim (1858–1917), en fransk sociolog, menade att de australiska urinvånarna (aboriginerna) var de mest primitiva av alla levande folk och att studiet av dem därmed var den mest säkra källan till den urtida religionen. Han tänkte sig vidare att religion egentligen var en mänsklig grupps symboliska sätt att dyrka sig själv, att religionerna handlade om individens underordnande under gruppen vilket uttrycktes med religiösa symboler. Religionens ursprung — grunden för de religiösa föreställningarna och ritualerna — fanns för Durkheim i de processer som gör det möjligt att leva i en grupp.
Problem för evolutionära förklaringar
Tanken på att vi kan komma åt mänsklighetens barndom genom nu levande samhällen på en låg teknologisk nivå mötte dock snart stora problem, då vissa forskare visade att även dessa ’primitiva’ folk hade avancerade religiösa föreställningar, som t.ex. den om en skapargud som stod över de andra gudarna. Detta var en teologisk tanke som primitiva folk inte borde kunna ha, enligt de lärda teorierna. Sålunda förnekade forskare inom det evolutionära lägret först fakta, men sedan var man tvungen att ge med sig. Det fanns alltså ingen given koppling mellan kulturella nivåer och teknologisk utveckling. En stam kunde vara teknologiskt underutvecklad men religiöst högtstående. Den kulturella utvecklingen gick inte heller rakt uppåt utan kunde gå bakåt. Evolutionismen hade därmed inte längre någon säker metod för att kunna säga något om religionens ursprung.
Tanken på att ökande modernisering skulle leda till religionens död fortsatte dock att vara stark bland religionsvetare speciellt sociologer och psykologer. Det var först mot slutet av 1900-talet som sekulariseringstesen slutligen föll. Insikten att religionerna inte kommer försvinna, att den religiösa driften på något sätt var inbyggd i människan växte sig allt starkare. Denna utveckling sammanföll med att religionerna blev allt mer inflytelserika på den politiska arenan. Revolutionen i Iran 1979 anförs ofta som en startpunkt.
Nya evolutionära förklaringar av religionens ursprung
Samtidigt uppstod nya försök att förklara religionens ursprung med hjälp av evolutionära förklaringar. Men nu inte genom analys av primitiva folks kulturer utan genom de nya rönen inom genetiken och hjärnforskningen. Grundtanken var nu att när människan utvecklades och fick förmågan till abstrakt tänkande så uppstod också de föreställningar vi finner i magi, sagor och religiösa berättelser. Det vill säga, när hon kunde skapa begrepp och ord som hav, människa och framtid: när människan fick ett språk, så uppstod religiösa föreställningar som ett slags bieffekt. Till exempel, genom att vi kan komma ihåg lättare sådana saker som en flygande människa än en vanlig människa, eller talande stenar än vanliga stenar, så blir de till en del av kulturen. Religionen är därför inbyggd i hjärnans sätt att fungera och forskningen som studerar detta kallas för kognitionsvetenskap.