Trots det starka hotet från öst så användes aldrig Natotrupper i strid under kalla kriget. Det var först 1995 som Nato genomförde sin första militära operation. Organisationen fick då uppdraget av FN att säkra freden i Bosnien som förhandlats fram genom Daytonavtalet. Styrkan som användes fick namnet IFOR och bestod även av trupper från icke-Natoländer (då även inklusive Sverige som bidrog med en bataljon).
1999 intervenerade Nato återigen på Balkan, den här gången i den dåvarande serbiska provinsen Kosovo. Efter att den serbiske presidenten Slobodan Milošević tillbakavisat påtryckningar från omvärlden om att upphöra med grova övergrepp mot den albanska majoriteten i Kosovo inledde Nato flygbombningar mot mål i Serbien.
Interventionen delade omvärlden eftersom den skedde utan tillåtelse från FN:s säkerhetsråd och därmed bröt mot folkrätten. Många stater, särskilt Ryssland, såg bombningarna som ett angrepp från Väst mot den nationella suveräniteten. EU, USA och andra västländer som gav sitt stöd till Nato menade att världssamfundet hade ett ansvar att skydda utsatta människor från grymheter.
2011 drog en Natointervention - denna gång i Libyen - åter till sig kritik från stater som förespråkar en stark suveränitetsprincip. Bombningarna av Libyen var för att skydda de rebeller som deltog i upproret mot Muammar Gadaffi, men Ryssland och Kina menade att Nato missbrukat det mandat som FN:s säkerhetsråd gav till insatsen genom att ha gett aktivt stöd till ett regimskifte i landet. Ryssland deklarerade i efterhand att de avsåg att använda sitt veto i säkerhetsrådet mot liknande insatser i framtiden om inte Natos opartiskhet i en konflikt kunde garanteras.
Efter terrorattackerna mot USA den 11 september 2001 åberopade Nato Atlantpaktens artikel fem för första gången i alliansens historia. Attackerna sågs som ett väpnat angrepp mot ett medlemsland från en utländsk aktör och Natoländerna förklarade unisont att de skulle visa solidaritet och stödja USA i kriget mot terrorismen.
I slutet av 2001 etablerades Isaf (International Security Assistance Force) i Afghanistan, som en följd av attackerna 11 september. Styrkan, som omfattade cirka 130 000 soldater från 48 länder, tjänstgjorde under mandat från FN:s säkerhetsråd och sedan 2003 under Natoflagg. Huvuduppgiften var att bidra till ett säkert och stabilt Afghanistan och att ge de afghanska myndigheterna möjlighet att kunna styra landet på ett demokratiskt och effektivt sätt.
Natos struktur
Natos viktigaste organ är det Nordatlantiska rådet. Rådet består av ständiga representanter från varje medlemsland som har möten varje vecka i Bryssel där Natos högkvarter ligger. Två gånger om året sker möten mellan ländernas utrikes- eller försvarsministrar. Mer sällan håller rådet toppmöten där alla stats- och regeringschefer sammanträder och fattar övergripande strategiska beslut om Natos verksamhet, nya initiativ etc. Beslut som rådet fattar kräver enhällighet bland medlemmarna.
Det dagliga arbetet bedrivs av ett sekretariat i högkvarteret. Sekretariatet leds av organisationens generalsekreterare, som även är ordförande för Nordatlantiska rådet.
Natos militärkommitté är det högsta militära organet och består av militära representanter från varje land. Kommittén ägnar sig åt försvarsplaneringsfrågor och är rådgivande till Nordatlantiska rådet. Militärkommitténs ordförande är även ansvarig samordnare för Natos militära insatser.
Förutom ett mindre antal radarflygplan har Nato inga egna militära styrkor, utan organisationens kapacitet bygger på att medlemsländerna ställer sina nationella försvar till förfogande. Däremot har Nato en egen struktur av militära befälhavare. Dessa är uppdelade på två högkvarter, i den amerikanska delstaten Virginia och i belgiska Mons.