Johan Skytte, liksom sonen Jakob som var universitetets förste rektor, verkade för ett införlivande med Sverige för att stävja adelns makt. Rektorn anklagade adeln för att hålla bönderna okunniga.
Axel Oxenstierna var dock mer skeptisk till ett direkt införlivande. Av taktiska skäl kunde det vara farligt att skapa konflikter med baltadeln mitt under det trettioåriga kriget. Johan Skytte ersattes 1634 som generalguvernör av den högadlige Bengt Oxenstierna, kusin till Axel Oxenstierna, och en första offensiv för införlivande var över.
Försvenskningen av Baltikum får ny kraft
Först under 1690-talet blev frågan aktuell på nytt. Reduktionen, indragningen av adelns gods till kronan, under Karl XI:s envälde, stödd av ämbetsmannaadel, hade brutit godsägaradelns makt vilket nu också fick konsekvenser för provinserna i öst. De allt mer långtgående kraven på indragningar - även av gods som avsöndrats före svensktiden - genomfördes 1688 med maktspråk, under livliga protester från adeln. Hälften av adelsjorden återgick till kronan som därmed blev alltmer intresserad av Livlands närmande till riket.
Den svenska kyrkolagen började gälla från 1690, undervisningen vid universitetet återupptogs, de livländska lantråden (adelsorgan) avskaffades, all officiell korrespondens skulle ske på svenska och i generalguvernör Hastfer fick man en ny nitisk förespråkare för provinsens försvenskning.
Den livländska adelns motstånd stannade inte vid försiktiga invändningar. En protestskrivelse överlämnades 1692, vilket stämplades som uppror. Ledaren, Johan Reinhold Patkul, flydde med en dödsdom efter sig. Han deltog aktivt i kampen mot svenskarna, både på polsk och rysk sida, men utlämnades 1707. På order av den mera sällan hämndlystne Karl XII halshöggs Patkul efter att ha blivit rådbråkad (armar och ben krossades) och kroppen hängdes upp på en stegel vid landsvägen.
Stora nordiska kriget satte punkt för svensktiden i Baltikum
Några mer genomgripande förändringar hann dock inte genomföras innan kriget på nytt störde ritningarna för försvenskningen. Det svenska riket angreps under det stora nordiska kriget 1700–1721 av fiender från alla håll: Ryssland, Polen, Danmark, Preussen och Hannover. Livland var också försvagat av en svår pest under de första åren av 1700-talet.
Dorpat kapitulerade för en stark rysk armé på 34 000 man 1704. Samma år föll Narva, medan Riga höll ut till 1709. För att förhindra att svenska trupper skulle kunna använda området skövlades Livland 1708. Dorpat jämnades praktiskt taget med marken. Genom freden i Nystad 1721 bekräftades att det svenska baltiska väldet hade upphört. De nya makthavarna garanterade i en kanske nödvändig charmoffensiv lutherdomens ställning, återlämnade jord som reduktionen indragit samt bekräftade ständernas rätt till självstyre.
Under ryskt styre
Ett ryskt universitet inrättades 1802 och inhystes efter några år i den nuvarande universitetsbyggnaden. Under första världskrigets tumult flyttades det ryska universitetet till Voronesj. I stället verkade ett tyskt i Dorpat innan Estland blev självständigt 1920. Det mesta av universitetets egendom återsändes från Ryssland.
När Estland ingick i Sovjetunionen 1940-1991 utövades en sträng kontroll av den akademiska utbildningen. Angivare såg till att oppositionella avslöjades.
Efter Estlands frigörelse 1991 har akademin en viktig roll i stärkandet av den unga statens identitet.
LÄS MER: Riga - svensk storstad under stormaktstiden
LÄS MER: Sveriges tyska provinser under stormaktstiden
LÄS MER: Stormaktstidens Sverige
LÄS MER: Estlands historia
LÄS MER: Universitet