Socknarna hade egna sigill (det äldsta bevarade är från Ekebyborna i Östergötland, ca 1300).
Redan i slutet av medeltiden fanns troligen också sockenstämman, som under ledning av prästen och sex förtroendevalda bönder ("sexmän") hade hand om frågor kring kyrkans skötsel och fördelade kollektiva skattebördor mellan socknens invånare.
Präster
Varje sockenkyrka sköttes av en präst som ansvarade för församlingens kyrkogång och själavård. Prästen hade hand om gudstjänster, dop, bikt, begravningar och så vidare. Han var också ledare för sockenstämman (se ovan).
Alla gick till kyrkan på söndagarna. Prästen höll långa predikningar och man lyssnade alltid till vad han sa. Kyrkan var också en social träffpunkt där socknens befolkning träffades på söndagarna och vid många av de högtider som ingick i kyrkoåret.
Under medeltiden hade prästerna hög status och tillhörde det skattebefriade frälset. Prästerna fick sin inkomst genom en särskild kyrklig skatt - tiondet (se faktarutan nedan). De fick dock inte bilda familj, utan skulle leva i celibat.
Stift
Flera socknar bildade tillsammans ett stift. Under senare delen av medeltiden fanns det sju stift i Sverige. Varje stift var ett kyrkligt förvaltningsområde som leddes av en biskop (se nedan).
Adam av Bremen uppger att den förste biskopen i Sverige, Turgot, ska ha installerats av Olof skötkonung i Skara. Omkring 1060 inrättades också ett biskopssäte i Sigtuna.
Nästa upplysning om den svenska stiftsindelningen är den s.k. Florenslistan från ca 1120, som anger Skara, Linköping, Eskilstuna, Strängnäs, Sigtuna och Västerås (?) som biskopssäten. Tyngdpunkten i kyrkans organisation låg då uppenbarligen i Mälarområdet, där missionsbehovet möjligen var störst (några decennier tidigare hade nämligen många av svearna återgått till asatron).
Det dröjde fram till 1200-talet innan den stiftsbildning var avslutad som sedan skulle bestå medeltiden ut: ärkestiftet Uppsala (Uppland, Norrland, Jämtland i Norge samt Åland fram till 1300-talet), Skara (Västergötland, Dalsland och Värmland), Strängnäs (Södermanland och Närke), Linköping (Östergötland, Gotland, Öland samt Småland utom Värend), Västerås (Västmanland och Dalarna), Växjö (Värend) samt Åbo (Finland).
Biskopar
Biskopen fungerade som den högste domaren och styresmannen i sitt stift och ansvarade för kyrkan (som organisation) och alla sockenpräster etc som arbetade inom stiftet. Till biskopens uppgifter hörde även att viga präster och ta emot klosterlöften från munkar och nunnor.
Kyrkans första biskopar hade vigts av Jesus apostlar (lärjungar, inkl Paulus) och för att en vald biskop skulle kunna träda i tjänst krävdes enligt kanonisk (kyrklig) rätt att han skulle vigas genom handpåläggning av minst två andra biskopar. Den som valts till biskop men ej vigts kunde förvalta stiftet men saknade rätt att utföra de religiösa uppgifterna som hörde till ämbetet.
Från början valdes de svenska biskoparna av prästerna och folket, vilket stadgas i den äldre Västgötalagen. Genom Skänninge möte 1248 (se den grå rutan nedan) infördes emellertid den kanoniska regeln att det var domkapitlet (se nedan) som skulle välja biskop.
Som representanter för den inflytelserika kyrkan och som innehavare av boklig bildning kom biskoparna att spela en viktig politisk roll under hela medeltiden.
Biskoparna hade plats i rådet (dåtidens regering). De ansågs även vara de bäst lämpade att inneha ämbetet som kansler, och utsågs under den stormiga unionstiden i ett par fall till riksföreståndare.
I samhället var ärkebiskopen högst i rang näst efter kungahuset.
Med ett stift följde dessutom betydande jordegendomar, mäktiga borgar och talrika ryttarföljen samt möjlighet till förläningar. Biskopsämbetet kom därför att bli eftertraktat bland aristokratins söner, och biskopstillsättningar omgavs av segdragna maktstrider. Av elva biskopar på 1470-talet kom sju från framstående adelssläkter.
Till sin hjälp hade biskopen ett domkapitel som beslutade i många viktiga frågor.