Margareta stannade alltså i Danmark som rikets regent. Vad Håkon hade för åsikter om allt detta är inte känt, men säkert såg han en poäng i att han och hans drottning tillsammans styrde två av de tre skandinaviska rikena. Margareta verkar hur som helst ha utövat allt större inflytande även över hans regering.
År 1380 avled Håkon varefter Margareta blev änka. Som andra medeltida änkor med god ekonomi gav detta henne större handlingsutrymme - en kvinna stod vanligen först under sin fars och sedan under sin makes förmyndarskap, men en änka kunde i större utsträckning sköta sig själv. Den då tioårige Olof ärvde även den norska tronen och Margareta styrde därmed även Norge i väntan på sonens myndighetsdag.
Rikets rätta fru och husbonde
Olof fick dock inte uppleva sin myndighetsdag. Endast 16 år gammal avled han i lunginflammation på skånska Falsterbohus. Margareta hade vid det laget regerat med sådan skicklighet att det danska riksrådet kom överens om att hon skulle fortsätta tills hon och folken enades om en ny regent. Hon hyllades i Danmark som rikets "rätta fru och husbonde", och seglade sedan till Norge för att säkra sin position där.
Margareta styrde nu själv två av Skandinaviens tre riken. Sverige tillhörde fortfarande Albrekt av Mecklenburg, men de svenska stormännen hade tröttnat på tysk överhöghet.
Margareta hade nu två problem som måste lösas: att skaffa en arvtagare och att erövra Sverige.
Margareta kallas idag allmänt för "drottning Margareta", men det är värt att notera att hon under sin samtid endast bar den titeln före makens död - att vara drottning var att vara gift med en kung. Som regent kallades hon för "fullmäktig fru och husbonde" och liknande formuleringar. Den positionen hade hon alltså uppnått i Danmark och Norge, men Sverige återstod, trots att familjen länge hade gjort anspråk på den svenska kronan. Margaretas make Håkon hade trots allt varit son till den förre svenske kungen, medan Albrekt av Mecklenburg, som satt på tronen, bara var hans systerson.
Konspiration och adoption
Ungefär vid samma tid som Margaretas son avled uppenbarade sig ett gyllene tillfälle. De svenska stormännen hade satt den tyske Albrekt på tronen drygt tjugo år tidigare, men nu försökte han minska aristokratins inflytande i landet, och en ny generation av stormän började tycka att det var dags att byta kung.
I mars år 1388 träffade Margareta en delegation av missnöjda svenska aristokrater på Dalaborg, en svensk borganläggning vid Vänerns sydvästra kust och därmed nära den dåtida dansk-svenska gränsen. Stormännen lovade att anta Margareta som regent även i Sverige om hon bara hjälpte dem att bli av med Albrekt.
Krig förklarades mot Albrekt, men Margareta hade även ett annat bekymmer - hur skulle hon säkra tronföljden efter att hennes enda son avlidit? Risken för en plötslig död var större under medeltiden än idag, och om inte hela Margaretas statsbygge skulle falla ihop vid hennes död gällde det att någon stod redo att ta över. Helst skulle kronan ärvas på manssidan, men där fanns inte fler arvtagare. Man letade därför på kvinnosidan och hittade Margaretas sexårige systerdotterson Bogislav. Han var son till hertigen av Pommern, ett hertigdöme vid Östersjöns södra kust. Margareta adopterade Bogislav och även hans syster Katarina, även om Katarinas öde inte skulle bli att ärva en tron - istället kom hon att giftas bort med en tysk greve.
"Kung byxlös"
Margaretas här belägrade Stockholm varefter Albrekts släktingar i det tyska hertigdömet Mecklenburg sände ut skepp för att härja de danska kusterna.
Det finns gott om legender om hur Albrekt under kriget hånade Margareta, kallade henne för "kung byxlös" och skickade henne ett bryne att vässa sina synålar på. Men det är oklart huruvida detta verkligen inträffade eller om senare tiders människor har broderat ut berättelsen om konflikten. Faktum är att vi över huvud taget har förvånansvärt lite information om kriget. Vi vet inte ens om Margaretas här var övervägande dansk, eller om de kungafientliga svenska stormännen hade bidragit med egna trupper.
Hur som helst möttes Margaretas och Albrekts styrkor i Åsle socken nära Falköping i slutet av februari 1389, det vill säga i slutet av den säsong då man helst förde krig eftersom frusna sjöar och vattendrag då gjorde det lättare för trupper att röra sig över landet. Här utspelade sig ett av medeltidens få fältslag, och Albrekt förlorade. Han och hans son togs till fånga, men mecklenburgarna såg inte detta som en anledning att ge upp kampen.
Erik av Pommern anländer
Samma år anlände lille Bogislav till Skandinavien, och det var dags att få honom vald till kung i samtliga tre riken. Sverige var visserligen inte helt erövrat ännu, men att ha en egen svensk kung kunde bara bli till fördel i propagandan.
Påsken 1392 kröntes Bogislav först av allt till kung i Norge, och fick då byta namn till det mer nordiskt och kungligt klingande Erik. Han har följaktligen gått till den svenska historien som Erik av Pommern.
Margareta stärkte sin kontroll över Sverige, men tyskarna höll fortfarande Stockholm. År 1395, efter medling av köpmannaförbundet Hansan, släpptes Albrekt fri på villkor att han efter tre år antingen skulle lämna över Stockholm eller betala en dryg penningsumma. Margareta stärkte samtidigt kronans makt i Danmark, även om det där inte var så mycket fråga om vapenmakt som om förhandlingar med stormän och med städernas borgare om hur landet skulle styras.